Fue declarada Monumento Nacional el 23 de abril de 1976. Es el templo más grande de toda La Rioja. Se tardó más de 100 años en construir, entre los siglos XVI y XVII. A su fachada clasicista se accede desde una gran escalinata. Dicha fachada está protegida por dos torres gemelas de 4 cuerpos y 50 metros de altura cada una. Cabe destacar su coro y la verja desde la que se accede a él y los numerosos retablos, entre los que destacan los del arquitecto Juan de Arregui del año 1727 y dos crucifijos, uno de marfil del siglo XVII y otro gótico del siglo XIV, además de las obras de arte que se encuentran en el interior. Su cabildo es uno de los más antiguos de España, y fue presidido por un abad mitrado de presentación real. Se acometió una obra de rehabilitación que la ha mantenido cerrada durante siete años coincidiendo su reapertura con la inauguración de la exposición bianual "La Rioja Tierra Abierta" cuya sede ha sido San Miguel desde el 8 de abril al 12 de octubre de 2011 bajo el título "La fiesta barroca". En su tejado se aloja la mayor colonia urbana de cigüeñas blancas del mundo en un solo edificio